iTRAQ和TMT的技術原理完全一樣，所不同的是二者的分子結構有差異。與SILAC相比（標記蛋白質），iTRAQ和TMT是對肽段進行標記的。依據iTRAQ/TMT標籤的質量數差異，通過MS實現對多組樣品中的蛋白質進行相對定量： SILAC是通過一級MS( MSl)對蛋白質進行定量，而iTRAQ/TMT是通過二級MS( MS/MS．MS2)進行定量的； iTRAQ/TMT幾乎能相容所有來源的蛋白質樣品，並且能同時分析多達8-10組的樣品，分析通量高。