可廣泛應用於多種領域，從蛋白質基礎研究、小分子及生物醫藥開發，到免疫原性研究和疫苗研製，甚至到蛋白藥物的品質控制。主要包括抗體的篩選、小分子藥物的篩選、抗體和小分子藥物的親和力和動力學測定、疫苗中某種微量蛋白的滴度鑒定以及疫苗開發、蛋白與蛋白的相互作用、癌癥研究、核酸或反義核酸與蛋白的相互作用分析、觀察蛋白複合物的組裝過程、病毒顆粒與蛋白的相互作用等。