利用LC-MS/MS實現對未知樣品中蛋白質的定性分析，確定樣品中具體有哪些蛋白質，從而便於研究者發現和篩選目標分子。 適用於Co-IP、pull-down（DNA、RNA、蛋白質）等方法純化的蛋白質複合物，可以直接以液體的方式進行後續LC-MS分析。 適用SDS-PAGE分離的Co-IP、pull-down（DNA、RNA、蛋白質）等方法純化的蛋白質複合物，切割膠條，進行膠內酶解，最後進行LC-MS/MS分析。 其他複雜度低的蛋白質樣品（溶液狀態、考染/銀染膠條等）。